Dimer dice

DimerDice permite visualizar en Realidad Aumentada (RA) diferentes complejos diméricos supramoleculares de péptidos cíclicos. Los péptidos cíclicos (CP) están compuestos por γ-aminoácidos (ácidos cis-α,γ-aminocicloalcanocarboxílicos, γ-Acas) alternados con α-aminoácidos (α,γ-CP). Estos péptidos que contienen γ-Acas pueden diseñarse a partir de los D,L-α-CP originales simplemente reemplazando cualquier α-aminoácido por un γ-Aca de quiralidad equivalente. Por ejemplo, los L-aminoácidos pueden reemplazarse por isómeros (1R,3S) mientras que los (1S,3R)-Acas sustituirían a los enantiómeros D. Como parte de un estudio in vitro/in silico llevado a cabo en la Universidad de Santiago de Compostela para analizar en profundidad el reordenamiento preferido adoptado por los α,γ-CPs, exploramos todas las combinaciones posibles que podrían tener lugar a partir de dos monómeros diferentes y sus enantiómeros correspondientes.[1] Este enfoque utiliza la N-metilación selectiva de los grupos amida cuyos protones no están involucrados en interacciones de enlaces de hidrógeno. Los residuos N-metilados se indican en las figuras de los rastreadores. Dependiendo de la combinación de monómeros, es posible una disposición paralela o antiparalela. Apuntando con el dispositivo a cada rastreador por separado, se visualiza una imagen AR del monómero correspondiente. Cuando las imágenes de los rastreadores de dos monómeros se colocan cerca una de la otra, se muestra la estructura del dímero formado por esa combinación de péptidos cíclicos. Se llevaron a cabo optimizaciones geométricas completas de los dímeros y monómeros con el funcional B3LYP y el conjunto de bases estándar 6-31G(d). Todos los cálculos DFT reportados en este estudio fueron realizados con el paquete Gaussian 16. Esta aplicación fue desarrollada específicamente por la Universidad de Santiago de Compostela (España) y MD.USE Innovative Solutions S.L. (www.mduse.com). [1] Manuscrito en preparación.